近年来，我所高度重视并切实推进国际海洋科技合作，积极参与国际事务，大力加强制度建设和外事管理，取得了丰富的工作成果。经过多年的努力，我所已与东北亚、东南亚、南亚、非洲、欧美、大洋洲等地区的诸多研究机构以及相关涉海国际组织建立了稳固的合作关系，形成了南北呼应、东西并举的国际合作局面。
截至目前，我所已与30多个重要海洋国家和地区的50多个科研单位建立了良好的交流与合作关系，签署并有效执行了20余份所际间合作协议，在海洋观测、海洋防灾与减灾、海气相互作用、海洋生态系统与生物多样性保护、海洋地质、极地研究、海岸带综合管理、海洋工程等领域开展了务实合作，取得了丰硕成果。同时，我所积极参与政府间海洋学委员会（ioc）及其西太平洋分委会（westpac）、北太平洋海洋科学组织（pices）、国际海洋研究委员会(scor)、全球海洋观测伙伴关系（pogo）、东亚海环境管理伙伴关系组织（pemsea）等国际组织，以及全球海洋观测系统（goos）、上层海洋和低层大气相互作用（solas）、世界气候研究计划（wcrp）、印度洋海洋观测系统（indoos）等重要国际计划的活动，并连续成功举办pices年会、clivar青年科学家论坛、westpac科学大会、中国-东南亚国家海洋合作论坛等系列大型国际会议，极大提高了在海洋领域的国际影响力。
我所牵头发起和参与实施了一系列国际和地区合作项目，有效提升了在国际海洋领域的影响力。这些项目既包括由外交部等资助的项目，如“中印尼海洋与气候中心及联合观测站建设”项目、“东南亚海洋环境预报与灾害预警系统建设”项目、“中国-东盟海洋濒危物种合作研究”项目等；也包括在国际组织框架下实施的合作项目，如“印度洋季风爆发监测及其社会与生态影响项目（momsei）”、“东南亚海洋观测系统（seagoos）”、“第二次印度洋国际科考（iioe-2）”等。
我所承办了11个国际合作机构，为进一步深化国际合作搭建了稳固平台。这些国际机构包括5个双边合作机构，如：“中韩海洋科学共同研究中心（青岛）”、“中印尼海洋与气候中心（雅加达）”、“中泰海洋气候与生态系统联合实验室（普吉）”、 “中俄海洋与气候联合研究中心（海参崴）”、“中马海洋科技联合中心（马来西亚万捷）”；也包括4个多边框架下的国际机构，如“联合国教科文组织政府间海洋学委员会海洋动力学和气候研究与培训中心（odc中心）”、“中国-pemsea可持续发展中心”、 “中国典型河口生物多样性保护、修复和保护区网络建设示范项目管理办公室”等。此外，我所已与印尼、马来西亚、泰国、斯里兰卡、马尔达夫等国合作，建设一批海外观测站，并实施了一系列联合调查航次，共同投放和维护了海洋浮标和潜标等观测设施，地区性和全球性的海洋观测合作网络初具规模。
通过积极参与国际合作，我所培养和推出了一大批在国际上具有影响力、号召力，涉及多学科和不同年龄段的专家，并聘请了25位国外科学家为我所的客座研究员，同时，成立了国际合作处，建立了专门的国际合作管理团队。
国际合作处主要工作职责：负责国际合作（权益维护）项目和活动管理、国际合作机构管理、外事和涉外航次审批、因公出国（境）证件管理、对外宣传等工作。