船舶管理中心（以下简称“船管中心”）成立于2013年8月12日，是海洋一所所属的处级业务部门。负责海洋一所科考船的论证、设计和建造工作；负责科考船的运行、维护、管理、指挥通讯、外聘船员管理；船载调查和试验仪器设备的论证、维护和管理工作。
经过多年的精心打造和不断磨炼，海洋一所船管中心形成了一支专业、成熟、自信的科考船管理、运营队伍。承担了一个又一个重大海洋科研调查任务，向着建设国内顶尖，国际先进的科考船团队目标不断前进。目前中心共有无限航区船舶两艘：“向阳红01”船和“向阳红18”船。
“向阳红01”是我国目前最先进的新一代全球级现代化海洋综合科考船之一。船舶为无限航区，电力推进，集多学科、多功能、多技术手段为一体，能够满足深海大洋多学科交叉研究需求，是海洋科学基础研究和高新技术研发的海上移动实验室和试验平台。科考船船载探测与实验系统主要包括水体探测、大气探测、海底探测、深海极端环境探测、遥感信息现场印证、船载实验以及网络信息等系统，配置代表当前最先进的深海调查平台rov、auv等装备，可进行定点和走航式海洋环境参数连续探测、海面常规气象连续探测、海气界面通量探测、海底地形地貌探测、底质采样、地球物理探测、缆控深潜探测与可视取样，具备大气、海气界面、水体及海底立体综合海洋环境和资源调查能力。
“向阳红18”船是我国目前在2000吨级最先进的大洋级海洋综合科考船之一。船舶为无限航区，电力推进，实验室和调查设施先进，适用于物理海洋、大气科学、海洋地质、地球物理、海洋生物、生态、遥感、遥测以及海岸带和海洋工程等方面的海洋调查工作。该船可实现的主要科学目标如下：海洋动力过程和灾害性海洋观测；大洋环流与气候变化；海洋地质与地球物理探测；海洋矿物资源、生物资源和基因资源开发；海洋生态系统和碳循环研究；海洋环境保护和海洋经济可持续发展；海洋工程勘察；海洋遥感信息现场真实性检验；海洋高技术研发装置的海试与检定。
船管中心现有职工33人（含劳务派遣6人）其中正高级职称2人、高级船长2人、高级轮机长3人、副高级职称8人、博士2人、硕士12人。