海洋生态研究中心（以下简称“生态中心”）由原“海洋生物研究室”和“海洋化学研究室”整合而成，依托建设有海洋生态环境科学与技术重点实验室、渤海海峡生态通道野外科学观测研究站等两个自然资源部属科创平台，是青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室组成单位。
生态中心主要开展生源物质海洋生物地球化学过程及其生态环境效应、近海生态系统关键过程与生态灾害机理及防控技术、海洋生物多样性与海洋生态系统智慧感知技术、海洋保护地管理与生态化建设技术等研究，支撑海洋生态预警监测、海洋生态文明建设等国家重大需求，开展海洋管理和蓝色经济建设的科技开发服务。
学科方向与主要研究内容：
1.海洋生源物质循环及其资源环境效应
（1）陆海界面过程与近海生态环境监测；
（2）生源要素海洋生物地球化学循环及其生态效应；
（3）海洋碳循环与生源活性气体源汇过程；
（4）海洋缺氧和酸化及其驱动机制。
2.海洋生物多样性与生态安全
（1）海洋生物多样性维持机制；
（2）海洋生态灾害发生机理与防控技术；
（3）深远海生物多样性保护；
（4）海洋生态系统智慧感知。
3.海洋保护地管理与生态化建设
（1）海洋保护地管理技术；
（2）海洋保护生态学与应用；
（3）海洋固碳增汇与生态化建设技术。