中澳联合研究中心是由中澳科学研究基金支持成立的虚拟中心。在中国科技部和澳大利亚工业、创新与科技部的指引下，联合研究中心连接中澳两国的研究机构，在两国政府达成共识的重点科技领域开展研究活动。中澳联合研究中心为两国科学界提供平台，以壮大研究力量，使研究成果能最大化的转变为产品和商品，从而促进科学界和产业界的合作。
2015年12月宣布的第二轮中澳联合研究中心侧重于海洋科学，食品与农业，采矿设备、技术和服务三个方面。这一轮的项目从2016年开始，到2019年结束。2016年4月15日，澳大利亚工业、创新与科技部部长克瑞斯托佛.丕恩正式对外宣布支持6个中心，作为中澳两个共同应对海洋科技、食品、采矿技术等系列挑战的重要科技支撑。 六个联合中心包括：
· 苏州大学和莫纳什大学：研究乳制品在工业生产过程的效率和新的高价值产品。
· 上海交通大学和阿德莱德大学：成立“植物科学与育种联合实验室”，开发健康长寿的新谷物。
· 中国农业大学和墨尔本大学：针对健康土壤展开合作调研，以达到粮食作物生产的可持续发展。
· 国家海洋局第一海洋研究所和墨尔本大学：成立“中澳海洋工程研究中心”，开发新一代的模型来预测海上气候。
· 中国科学院海洋研究所和澳大利亚海洋科学研究所：中澳近海健康联合研究中心。
· 中南大学和南澳大利亚大学：研究化学及矿产传感，以实现矿产资源处理的可持续发展。
其中中澳海洋工程研究中心（australia-china center for maritime engineering, accme）是其中由国家海洋局第一海洋研究所和墨尔本大学联合成立的研究中心，该中心将通过互访交流、合作培养研究生等方式优势互补、平等合作、共同开展科学研究，国家海洋局第一海洋研究所所乔方利研究员和墨尔本大学alexander babanin教授担任该研究中心的联合主任。中澳海洋工程中心作为联系中澳两国海洋科技的纽带，为两国海洋科学界提供平台，加强两国海洋领域的实质合作、共同应对海洋灾害和气候变化能力，进而促进科学界和产业界的合作。